Ο Ιωσήφ Μποτετζάγιας διδάσκει στο Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Στα ερευνητικά του ενδιαφέροντα περιλαμβάνονται θέματα Περιβαλλοντικής Πολιτικής και Κοινωνιολογίας, Οικολογικών Πολιτικών Κομμάτων, Μη Κυβερνητικών Περιβαλλοντικών Οργανώσεων και Νέων Κοινωνικών Κινημάτων.